Les sections sont des associations spécialisées dans un domaine historique et dont les champs d'activité concernent l'ensemble du territoire suisse. Elles sont associées à la SSH et s'occupent des domaines spécialisés de l'histoire ou de la transmission ainsi que de la diffusion de l'histoire. Les sections de la SSH comptent en tout plus de 2'000 membres. La coordination entre la SSH et les sections prend place au sein d'un comité spécifique, le Conseil de la société.