La SSH est une association au sens du code civil suisse. L'organe suprême est l'assemblée générale. Elle choisit le/la Président-e et les membres du Comité directeur. Chaque membre du Comité directeur dirige un Département. Les rédactions sont responsables pour les publications de la SSH. La SSH se coordonne au sein du Conseil de la société avec les associations de branches en sciences historiques, qui sont associées en tant que sections.
Le Secrétariat général est reponsable de l'organisation et de l'administration de la société. Le/La Président-e et le/la Secrétaire général-e constituent ensemble l'organe opérationnel de la SSH, le «Bureau».
